萨洛尼卡考古博物馆是希腊最为重要的博物馆之一。这家博物馆常年展出诸如古罗马（Roman），古希腊（Hellenistic）时期的萨洛尼卡城或者其他马其顿（Macedonia）地区的文物。萨洛尼卡考古博物馆的故事和这个城市的近代史非常相似。在1912年的11月，也就是这一城市被希腊吞并的两周之后，由马其顿总局牵头的希腊考古服务团成为第一个建立的服务机构。直到1925年，所有在马其顿地区被发现的古物都被集中到了现今马其顿色雷斯秘书处所在地以及奥斯曼易达迪耶学校（Ottoman Idadie School），奥斯曼易达迪耶学校也是亚里士多德大学文学院哲学系的所在地。在第一次世界大战期间，法国军队东部军（ArmeeFrancaise d' Orient）最开始将古物集中在卡拉博纳机（Karabournaki），而后来则在罗通达（Rotonda）。而英国军队，则是将自己发现的古物集中在白塔（White Tower）地区。

1925年，被奥斯曼占据地区的叛教者礼拜中心，也就是耶尼清真寺（YeniCami）出让给了考古服务团。其外观上的题词显示，这一建筑是该市的第一家博物馆。1940年，很多古物尤其是雕塑都被埋在了战壕之中，以免遭受战火荼毒。这些东西后来在1951年重见天日，然后在1953年第一次于萨洛尼卡考古博物馆展出。

在1950年曾经有一块土地被指定用于新博物馆的建立，地点位于城市的核心地段，也就是在基督教青年会广场（Y.M.C.A. Square）上，国际博览会（International Fair）的旁边。这一工作由著名的希腊现代主义建筑师帕特罗克罗斯·卡兰提诺斯（PatroklosKarantinos）负责。

新博物馆盛大的落成典礼于1962年举行，这也恰好是萨洛尼卡解放50周年的大庆时刻。当时展出了很多代尔维尼（Derveni）墓的发掘物，这些同年被挖出来的物件深深地震撼了人们。再后来，又举办了一场萨洛尼卡亚里士多德大学的考古学教授桥格斯·戴斯皮尼丝（GiorgosDespinis）所设计的从远古到罗马时代的雕塑展览。

玛诺里斯·安德罗尼克斯（ManolisAndronikos）教授从位于维吉纳（Vergina）的皇家墓地发现了一些不可思议的物件。这些文物一面世就送往了博物馆进行储存和保护，为博物馆带来了新的展览模式以及扩建需求。1982年，举办了辛多思（Sindos）墓穴的文物展。挖掘工作以及展出工作由古物监督官爱卡特立尼·戴斯皮尼（AikateriniDespini）负责。1985年，这一年距离卡山德（Cassander）为萨洛尼卡城于公元前315年奠基已经整整过去了2300年。博物馆的馆长茱莉亚·沃克托波洛（Julia Vokotopoulou）组织了关于城市历史和考古成果的首次展览。

1996年，这家博物馆首次举行了关于史前马其顿地区的超规模展会，地点位于维吉纳馆大厅下方，这是1980年进行扩建（由沃加提斯/Vogiatzis完成）后的区域。该次展会是由当时的馆长迪米特莱欧司·格兰门诺斯（DimitriosGrammenos）和考古学家玛利亚·帕帕（Maria Pappa）组织的。1998年，这些来自于维吉纳的古物被运回到它们当初被发现的地点，在一个模仿皇家墓地的新博物馆进行展出。而另一个全新展会又在萨洛尼卡考古博物馆开始了。迪米特莱欧司·格兰门诺斯，考古学家贝蒂娜·奇佳立达（BetinaTsigarida）和戴斯皮那·依格娜蒂雅多（DespinaIgnatiadou）为这一展会起名为“马其顿黄金”。这一展会的出现，恰好填补了皇家古物展会之间的空白。

2002年，通过一道总统法令（164/2002），萨洛尼卡考古博物馆成为了文化部独立的特约区域服务机构。21世纪初期，现代博物馆的需求让这一建筑迎来了一次大修和扩建。该馆在2004年的时候重新开门迎客，并且推出了新的永久展出项目。2006年9月，经过重修后的考古博物馆在格兰门诺斯和一批团队专家的组织下，带着五大主题重新对外开放。新的展出主题以人为本，不拘泥于时间轨迹，十分具有教育意义。

长期展：

5000、15000、20万年前

关于史前马其顿生活的展会

按照时间顺序，博物馆的叙述从较近的时间点开始，向大家展示了5000年前、15000年前以及20万年前的史前马其顿地区的生活情况。这一展出描述了从新石器时代开始的史前人类是如何满足自身需求的：农业、畜牧业、渔业、猎食、工具制造、储存、烹饪、纺织、陶器业等将一一展现。思想发展以及殡葬风俗等等也都会囊括其中，当然还包括了迈锡尼文明时代出现的社会分化现象和马其顿地区史前社会与其他地区人民的交易网络。

展览的最后环节是视听展览。关于史前马其顿地区的研究，三位著名的考古学家将会通过对史前居民进行讨论的方式来进行。

探寻城市诞生之谜

“探寻城市诞生之谜”这一主题将会展示铁器时代（公元前1100-700年）居住区及墓区的遗留物件。这些物件来自于从阿陀斯（ Athos ）山到奥林波斯（Olympos）山的广袤地带。随着对诸如卡斯坦纳斯（Kastanas），菲拉德菲亚（Philadelphia），阿西罗斯（Assiros），汤吧萨洛尼卡（ToumbaThessalonikis）等地区自然资源的探索，居住区逐渐建立被扩大。同样是在铁器时代，该地区与希腊南部、小亚细亚海岸和马其顿腹地的联系交流逐渐加强，而在希腊南部城邦沿着色麦克（Thermaic）海湾和巢机戴斯（Chalkidice）建立了殖民地。这一主题将会展示居住区的文化特征，例如农产品可能受控于某个中央集权手中、地区组织可能形成了早期的等级制度、葬礼隆重程度反映出的生活水准提升等等所有后来在马其顿王国全盛时期的元素，预示着该地区第一个城市的诞生。

马其顿黄金

“马其顿黄金”这一主题将会展示在古老的马其顿文化中黄金的重要性，尤其是在古典时代。这一主题中将会展示一些墓地中发现的特别物件，用于介绍黄金的开采、加工、装饰以及一些镀金艺术品的制作过程，同时还有人们关于出生死亡的信仰与黄金的关系等等。

除了长期展出这些藏品之外，萨洛尼卡考古博物馆还会举办一些临时展出以及教学研讨展会。